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| ＭＵＲ－２ - 3800m ↑255m |
| 1 | | 鉾立 裕樹 | 0:34:56 | | 東北4 |
| 2 | | 渡辺 裕己 | 0:37:47 | | 東京3 |
| 3 | | 入谷健元 | 0:37:52 | | 京都2 |
| 4 | | 上野 光 | 0:37:59 | | 東北2 |
| 5 | | 田中 翔太 | 0:38:11 | | 早稲田1 |
| 5 | | 千々岩 瞳 | 0:38:11 | | 東北1 |
| 7 | | 高田 弘樹 | 0:38:13 | | 東北1 |
| 7 | | 林城仁 | 0:38:13 | | 東京1 |
| 9 | | 小見山 斉彰 | 0:38:53 | | 千葉1 |
| 10 | | 村上 巧 | 0:38:57 | | 東京工業2 |
| 11 | | 渡辺 悠介 | 0:39:01 | | 東北3 |
| 12 | | 小川 圭介 | 0:39:19 | | 慶應義塾3 |
| 13 | | 吉田 知峻 | 0:39:37 | | 東京2 |
| 14 | | 小松田 成幸 | 0:39:44 | | 岩手3 |
| 15 | | 佐々木 崇 | 0:39:59 | | 新潟2 |
| 16 | | 古山 泰也 | 0:40:21 | | 東京3 |
| 17 | | 長瀬 裕樹 | 0:40:24 | | 東京3 |
| 18 | | 廣崎 旭宏 | 0:40:29 | | 東北3 |
| 19 | | 松井 弘毅 | 0:40:41 | | 東京工業3 |
| 20 | | 仲村 健一 | 0:40:45 | | 京都4 |
| 21 | | 長縄 知晃 | 0:40:57 | | 東北2 |
| 22 | | 山尾 勇介 | 0:41:26 | | 金沢3 |
| 23 | | 諸江 佳樹 | 0:42:01 | | 東京2 |
| 24 | | 日浅 巧 | 0:42:10 | | 大阪1 |
| 25 | | 高瀬 悠太 | 0:42:22 | | 東京工業3 |
| 26 | | 佐藤 崇雄 | 0:42:36 | | 静岡4 |
| 27 | | 岡 英樹 | 0:42:58 | | 東京工業4 |
| 28 | | 山本 純一 | 0:43:08 | | 早稲田2 |
| 29 | | 赤塚 祥悟 | 0:43:38 | | 筑波2 |
| 30 | | 木村 隆二 | 0:43:44 | | 新潟1 |
| 31 | | 佐々木一光 | 0:44:32 | | 北海道2 |
| 32 | | 松井 弘之 | 0:44:36 | | 東京4 |
| 33 | | 西崎 隼人 | 0:44:48 | | 名古屋3 |
| 34 | | 堀田秀聡 | 0:44:55 | | 千葉2 |
| 35 | | 平敷 慶伍 | 0:44:56 | | 慶應義塾3 |
| 36 | | 堀口 裕史 | 0:45:09 | | 東京農工3 |
| 37 | | 阿部寿洋 | 0:45:19 | | 東京理科2 |
| 38 | | 三戸部佑太 | 0:45:53 | | 北海道1 |
| 39 | | 小澤 健太郎 | 0:46:10 | | 筑波3 |
| 40 | | 澤 真平 | 0:46:36 | | 大阪市立1 |
| 41 | | 前田 肇 | 0:47:26 | | 東京2 |
| 42 | | 飯塚 祥太 | 0:47:38 | | 新潟2 |
| 43 | | 武藤 貴昭 | 0:48:02 | | 東京工業1 |
| 44 | | 小泉 俊朗 | 0:48:15 | | 立命館2 |
| 45 | | 鎌田 憲幸 | 0:48:17 | | 岩手4 |
| 46 | | 角森 哲博 | 0:48:44 | | 岩手2 |
| 47 | | 今野 利光 | 0:49:39 | | 東京工業4 |
| 48 | | 斉藤 優作 | 0:49:54 | | 新潟1 |
| 49 | | 木内俊太郎 | 0:50:13 | | 福島1 |
| 50 | | 井口 弘章 | 0:50:38 | | 東北4 |
| 51 | | 村田 康児 | 0:51:18 | | 東京農工3 |
| 52 | | 糸永 幸平 | 0:51:21 | | 東京工業3 |
| 53 | | 野田 徹 | 0:51:51 | | 東北1 |
| 54 | | 五嶋 宏通 | 0:52:38 | | 京都3 |
| 55 | | 京相 健二 | 0:53:26 | | 茨城4 |
| 56 | | 佐藤 嵩浩 | 0:53:28 | | 早稲田3 |
| 57 | | 下堂文寛 | 0:53:33 | | 京都橘1 |
| 57 | | 須賀 博基 | 0:53:33 | | 茨城3 |
| 59 | | 河村 正和 | 0:54:27 | | 名古屋3 |
| 60 | | 森 広斗 | 0:55:38 | | 名古屋1 |
| 61 | | 定永 悠佑 | 0:56:09 | | 静岡1 |
| 62 | | 永山 貴教 | 0:56:15 | | 東京農工2 |
| 63 | | 関 愛允 | 0:56:30 | | 東京農工1 |
| 64 | | 高松駿 | 0:56:43 | | 金沢1 |
| 65 | | 菊地昭文 | 0:57:02 | | 岩手県立1 |
| 66 | | 高橋 良平 | 0:58:16 | | 京都1 |
| 67 | | 佐々木 貴浩 | 0:59:22 | | 名古屋1 |
| 68 | | 南部壮志 | 0:59:26 | | 神戸2 |
| 69 | | 永井 成亮 | 1:00:41 | | 東北2 |
| 70 | | 椛島 伸也 | 1:03:55 | | 京都4 |
| 71 | | 小島 純一 | 1:04:26 | | 早稲田2 |
| 72 | | 岸裕樹 | 1:05:04 | | 名古屋1 |
| 73 | | 開 達郎 | 1:05:18 | | 東北1 |
| 74 | | 那須野 勇人 | 1:06:13 | | 静岡2 |
| 75 | | 川名 聡 | 1:07:15 | | 横浜国立2 |
| 76 | | 川口 洋明 | 1:11:05 | | 筑波1 |
| 参 | | 吉川 直人 | 1:12:18 | | 電気通信4 |
| 77 | | 斎田 篤 | 1:14:42 | | 東京工業1 |
| 78 | | 安井 基陽 | 1:14:44 | | 東京工業3 |
| 79 | | 永井 大悟 | 1:15:53 | | 茨城3 |
| 80 | | 纐纈 理志 | 1:16:19 | | 静岡1 |
| 81 | | 盛合 宏太 | 1:18:23 | | 岩手1 |
| 82 | | 菅原大樹 | 1:23:43 | | 東京1 |
| 83 | | 西山 洋平 | 1:24:15 | | 電気通信1 |
| 84 | | 高橋良寿 | 1:24:38 | | 岩手県立1 |
| 85 | | 高橋 大輔 | 1:24:57 | | 岩手2 |
| 86 | | 森 英敏 | 1:26:36 | | 静岡4 |
| 87 | | 千保翼 | 1:29:27 | | 金沢1 |
| 88 | | 川口賢人 | 1:30:18 | | 京都橘1 |
| 89 | | 中條 恵介 | 1:32:41 | | 千葉1 |
| 参 | | 水戸部 一貴 | 1:36:56 | | 電気通信4 |
| 90 | | 綾部 孝 | 1:38:20 | | 茨城4 |
| 91 | | 月原 知行 | 1:38:26 | | 電気通信2 |
| 92 | | 松崎 喜広 | 1:39:16 | | 静岡1 |
| 93 | | 大和田 晋 | 1:46:17 | | 早稲田1 |
| 94 | | 野口 喜朗 | 2:04:05 | | 金沢4 |
| 95 | | 沖 裕之 | 3:21:19 | | 東京工業2 |
| | | 岩崎 慶士 | DISQ | | 東京農工1 |
| | | 今田 和樹 | DISQ | | 山口1 |
| | | 林 和男 | DISQ | | 中央3 |
| | | 高田 公大 | DISQ | | 静岡1 |
| | | 後藤 樹 | DISQ | | 筑波2 |
| | | 松木 崇 | DISQ | | 中央3 |
| | | 柴崎 洋志 | DISQ | | 山口3 |
| | | 永田 隆輔 | DISQ | | 山口1 |